Conociendo si el paciente tiene una infección, la gravedad de la misma así como la fuente u origen de infección el clínico debe tomar decisiones sobre tratamiento antibiótico empírico. Para ello, el médico clínico necesita herramientas que le permitan realizar una prescripción optimizada de los antimicrobianos; entre estas herramientas destacan las guías de tratamiento y profilaxis antimicrobiana.
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A diferencia de las Guías de Práctica Clínica, el protocolo tiene un carácter más normativo y no tiene por qué incluir niveles de recomendación basados en la evidencia científica. Para su realización se puede recurrir a las guías de sociedades científicas pero además es imprescindible un profundo conocimiento de la epidemiología local.
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Los protocolos deben incluir el tratamiento empírico de primera línea y al menos un tratamiento alternativo así como contemplar situaciones particulares o frecuentes tales como insuficiencia renal, hepática, alergia a betalactámicos o el embarazo. Además, debe contemplarse el tratamiento dirigido y la duración del mismo.
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Por todo lo anterior, los protocolos son herramientas de ayuda a la prescripción que deben servir de guía al clínico para la toma de decisiones sobre antibioterapia empírica y dirigida. Aunque es imposible incluir en los protocolos todas las circunstancias que se pueden dar en la práctica, sí que recogen la mayoría de ellas. El clínico debe poder tener la libertad de prescribir de forma distinta a lo recomendado en el protocolo, pero es recomendable que esto se haga si se encuentran argumentos que así lo hagan recomendable.
PROANTIBIOTICOS 
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