Caracterización y diagnóstico microbiológico del SARS-CoV2

• Descubrimiento y caracterización
• Nomenclatura
• Diagnóstico microbiológico
• Estrategia diagnóstica
• Capacidad diagnóstica

 

Descubrimiento y caracterización

• SARS-CoV-2 cell entry depends on ACE2 and TMPRSS2 and is blocked by a
  2 clinically-proven protease inhibitor (Cell (preproof) 27-Feb-2020) Trabajo que demuestra la importancia del receptor ACE-2 y de la serinproteasas TMPRSS2 para el marcado de la proteina S, que tiene un valor importante en la entrada del virus. Tiene implicaciones terapéuticas al existir un inhibidor de la TMPRSS2, carmostat mesylate, ya aprobado para uso clínico en Japón, pero con otra indicación (ver aquí).
• Genomic characterisation and epidemiology of 2019 novel coronavirus: implications for virus origins and receptor binding (The Lancet. 22-Feb-2020). El WGS de 9 muestras de lavado broncoalveolar permitió recuperar y analizar 10 genomas completos que confirman que su similitud con los coronavirus de los murciélagos y que, estructuralmente es coherente que SARS-CoV-2 tenga afinidad por los receptores de la enzima convertidora de la angiotensina 2.

• We shouldn’t worry when a virus mutates during disease outbreaks (Nature 18-Feb-2020). Conviene distinguir entre las mutaciones de la ciencia ficción y los superhéroes de los comics de Marvel, que confieren superpoderes, y las mutaciones «evolucionarias» de un virus.
• Mutation, Adaptation, and Virus Genomes – A Primer for the Public (Harvard T Chan School of Medicine. 13-Feb-2020). Preguntas sobre SARS-CoV-2 respondidas a un nivel inteligible para no virólogos, explicando conceptos básicos de la epidemiología y biología de los virus.
• Genomic epidemiology of 2019-nCoV (nextstrain.org) Representación en árbol genealógico de los genomas de SARSCoV2 secuenciados hasta la fecha. Se observa un núimero  limitado de mutaciones lo que apunta hacia un ancestro común del que se estima que dio el salto  al ser humano en noviembre de 2019.
• Mining coronavirus genomes for clues to the outbreak’s origins (Science 31-Jan-2020). Análisis de los genomas disponibles y su similitud con coronavirus de murciélago. Revisa analogías con otros coronavirus que dieron el salto interespecies antes.
• A Novel Coronavirus from Patients with Pneumonia in China, 2019  (NEJM 24-Jan-2020). Trabajo que describe cómo partiendo de un brote de neumonía grave en 4 pacientes se identifica un nuevo patógeno. De biología molecular, secuenciación masiva y cultivo celular. Increible.

Nomenclatura

Más información sobre el cambio de nomenclatura.

Diagnóstico microbiológico

• Singapore claims first use of antibody test to track coronavirus infections (Science. 02-Mar-2020). El Departamento de Salud Pública de Singapur logra relacionar casos de unos de sus clusters mediante serología.
• Negative Nasopharyngeal and Oropharyngeal Swab Does Not Rule Out COVID-19 (Journal of Clinical Microbiology. 26-Feb-2020)
• Links established between church clusters and Wuhan Travellers (Singapore Minister of Health. 25-Feb-2020). Singapore ya dispone de una prueba de serología específica. Ha ayudado a entender la relación entre varios acúmulos de casos. Un ejemplo de cómo una buena investigación epidemiológica junto con pruebas microbiológicas fiables pueden ayudar a entender la epidemiología de las infecciones.
• Molecular and serological investigation of 2019-nCoV infected patients: implication of multiple shedding routes, (Emerging Microbes and Infections. 17-Feb-2019). Trabajo realizado en Wuhan en el que se observa cómo un número significativo de pacientes (46.7%) con COVID-2019 pueden tener frotis oro/naso faríngeos pero detectar SARS-CoV-2 en otras muestras: frotis rectal (26.7%), sangre (40%) o suero (20%).
• Detection of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) by real-time RT-PCR (Eurosurveillance Feb-2020). Descripción del proceso de diseño y validación de una RT-PCR para el SARS-CoV-2.
• Consistent detection of 2019 novel coronavirus in saliva (CID 12-Feb-2020). En este artículo breve se indica que se identificó SARS-CoV2 en la saliva de pacientes autorecogida de 11/12 pacientes con COVID-2019.

 

Estrategia diagnóstica

• La capacidad diagnóstica en esta fase inicial es crítica. A propósito de los Covid-19 drive-through en Corea (3-Mar-2020).
• Lessons for managing high-consequence infections from first COVID-19 cases in the UK (The Lancet. 28-Feb-2020). Uno de los aspectos más importantes a aprender es sobre las limitaciones de la definición de caso y sobre la importancia de que los responsables de Salud Pública sean conscientes de las limitaciones de las definiciones de caso y den autonomía a los clínicos para la identificación precoz de casos.

• El CDC abre los criterios diagnósticos a la sospecha clínica (27-Feb-2020)
• New surveillance system for early detection of COVID-19 (Public Health England 26-Feb-2020). El gobierno británico buscará SARS-2-CoV en pacientes con neumonía grave aunque no cumplan la definición de caso.
• Update on COVID-19: part 13, it giet oan? (Reflections on Infection Prevention and Control. 24-Feb-2020). En esta entrada Marc Bonten reflexiona sobre cuál debe ser la estrategia diagnóstica de SARS-CoV-2 (a qué pacientes estudiar) en un momento en que los límites geográficos se difuminan. En esta fase de la epidemia defiende de manera razonada la realización de PCR de SARS-CoV-2 a todo paciente ingresado en el que se fuera a solicitar un estudio de gripe.

Capacidad diagnóstica

• La limitación en la capacidad diagnóstica de los EE.UU lleva a momentos de humor (@eliiowa 27-Feb-2020)

• Corea del Sur ha estudiado la presencia de SARS-CoV-2 en más de 20.000 pacientes identificando 346 pacientes (Ministerio de Sanidad. República de Corea. 22-Feb-2020).
• Problems with CDC coronavirus test delay expanded U.S. screening (Politico 20-Feb-2020). Sin muchos detalles, la estrategia de utilización de la red de vigilancia de gripe en EE.UU. para COVID19 está encontrando más dificultades de las previstas, aparentemente, o por lo menos en parte por problemas con las prueba diagnóstica facilitada por los CDC a los laboratorios de Salud Pública de los diferentes estados.
• Labs scramble to spot hidden coronavirus infections (Science 12-Feb-2020). Descripción y análisis de las limitaciones de la capacidad diagnóstica de infecciones por SARSCoV2.